从整体剧情上来讲，《少年三国志零》在保持了三国历史大事件框架的基础上，进行了诸多的创新和改编。这种改编不仅使得游戏剧情更加符合现代玩家的口味，增加了剧情的趣味性和吸引力，同时也让游戏中的角色更加符合“少年”的设定，充满活力和朝气，这是与原著中给人沉稳、成熟感觉的人物形象有所差别的。
在角色技能设置上，《少年三国志零》中的英雄们拥有了许多酷炫、夸张的技能，这些技能在视觉效果上极具冲击力，但与原著中对这些人物的描写有较大差异。游戏中的赵云能够施展“龙胆枪法”，在战场上横扫千军，而《三国演义》中虽然也有赵云单枪救主、七进七出的壮举，但描述的方式更注重战略和英雄的勇气，而非如同游戏中那样近乎超自然的力量。
再比如，游戏中的诸葛亮拥有能召唤风雨、移星换斗的神奇能力，这虽然与其在原著中“借东风”等充满智谋的形象相符，但游戏中的表现手法无疑更加夸张和奇幻。游戏中还创造了许多原著中未曾出现的技能和装备，更加贴合了角色扮演游戏的玩法需求。
游戏在某些情节上进行的改编，也体现了开发者对于原著的重新诠释和创造性地构建。在“少年三国志零”中，玩家有机会看到一些原著中并未详细描写或完全是新创的剧情，如各个英雄的成长历程、角色间的友情和对抗等，这些都为游戏增添了更多的可玩性和故事深度。
与此游戏的“零暴力”理念也是其一大特色。在战斗场面的呈现上，《少年三国志零》尽量避免了血腥和恐怖的元素，即便是战斗场景也更多地侧重于技能和策略的运用，而不是直接的暴力对决。这一点与《三国演义》原著中对战争的直接而生动的描写形成了鲜明对比。游戏通过这种方式减少了对青少年可能产生的不良影响，同时也让战斗变得更加智慧和策略化。
《少年三国志零》虽然在很多方面对原著进行了改编和重构，但这些改变更多的是为了适应现代游戏玩家的审美和玩法需求，同时也尝试为经典的三国故事注入新的活力和创造力。游戏中既有对原著敬畏和尊重，也有对传统故事的现代解读和重构，为玩家提供了一个既熟悉又全新的三国体验。
